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项目与资产 / Projects and Assets

作用 / Role

项目用于隔离同一用户的不同研究任务;资产是可复用的输入、输出和中间文件。

Projects separate research contexts for one user. Assets are reusable inputs, outputs, and intermediate files.

输入 / Inputs

  • 项目名称 / project name
  • 蛋白、配体、口袋、对接结果等资产 / protein, ligand, pocket, docking results, and other assets

输出 / Outputs

  • project_id
  • asset_id
  • 可下载文件 / downloadable files

API / Automation

POST /api/v1/projects
GET /api/v1/projects
GET /api/v1/assets?project_id=<project_id>
PATCH /api/v1/assets/{asset_id}
POST /api/v1/assets/{asset_id}/copy
DELETE /api/v1/assets/{asset_id}

资产复制到其他项目时,网页会按项目名选择目标项目;API 使用目标 project_id

Server6 Example:项目总览如何检查完整流程

本例使用 server6 部署页面 http://123.207.15.89:45103,项目名为 Example

项目总览:选择 Example 项目,并检查资产和任务两栏

检查顺序:

  1. 右上角项目菜单选择 Example
  2. 在“项目资产”中确认关键资产是否存在:
  3. 原始蛋白:Example 1TA2 thrombin complex
  4. 参考配体:Example 1TA2 reference ligand 176
  5. 口袋:Example 1TA2 176 binding pocket
  6. 准备后蛋白:Example 1TA2 receptor prepared ligand-removed
  7. 准备后同系物库:Example 1TA2 congeneric 72 analog library prepared for docking
  8. PocketXMol 生成库:Example 1TA2 PocketXMol de novo generated ligands
  9. 两组 Uni-Dock pose library
  10. 两组 FEP fep_result 和两组 fep_output
  11. 在“项目任务”中确认任务均为“已完成”。本例包含蛋白准备、配体准备、分子生成、两组对接和两组 FEP。
  12. 资产和任务过多时用分页查看,不需要记住裸 ID;实际操作优先看资产名称、类型和来源。

结果判断:

  • fep_output 是 FEP 派生出的可加载 SDF 资产。
  • docking_pose_library 是对接任务的合并构象 SDF 资产。
  • 如果任务失败并产生失败资产,应删除失败任务和中间/输出文件,避免污染 Example 项目。