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对接任务

作用

对接任务组合蛋白、配体和口袋，用于预测结合构象、筛选候选和生成 FEP 起点。当前默认对接引擎为 Uni-Dock GPU，支持 Vina/Vinardo 评分函数。

输入

  • prepared_protein asset（也接受 protein、complex 和 MD 派生的 md_structure 资产作为受体）
  • ligand 或 prepared_ligand asset
  • pocket asset，或 GROMACS pocket_discovery 输出的 pocket_ensemble（动态口袋集合）asset：选择口袋集合时无需再选蛋白，每个口袋使用对应聚类代表构象作为受体
  • Uni-Dock 为传统对接引擎，无需神经网络模型文件

输出

  • JobOut
  • result asset：包含 Uni-Dock 报告、pose 表、worker log 和任务摘要。
  • 1 个 prepared_ligand_library / docking_pose_library：把本次任务全部成功 pose 合并到同一个 SDF；每条 SDF 记录保留分子名、SMILES、对接打分和 pose 序号，可单选、多选、排序、导出或进入相互作用分析/FEP。
  • 使用 pocket_ensemble 时，任务按"口袋 × 配体"扇出，所有 pose 仍合并进同一个 SDF，每条记录额外带 WA_DD_POCKET_INDEX / POCKET_LABEL / POCKET_CENTER / POCKET_CLUSTER_POPULATION 属性；报告和 pose 表新增跨口袋共识排序（每分子最优分数、最优口袋、口袋命中率），相互作用分析按口袋分别生成。

操作流程

  1. 在"蛋白处理"页导入或准备蛋白，并用共晶配体或手动盒子保存 pocket asset。
  2. 在"配体处理"页导入 SDF/SMILES 或用 Ketcher 绘制分子。根据目标用途选择导出配置：
  3. Uni-Dock/Vina：自动加氢、生成 3D 构象、计算 Gasteiger 电荷并准备 PDBQT。
  4. FEP/MD：保留 3D 构象和后续力场参数交接记录。
  5. 在"对接任务"页从下拉列表选择蛋白、口袋和配体。口袋下拉同时接受标准 pocket 和"动态口袋集合"（pocket_ensemble）资产；选择口袋集合时可不选蛋白。页面会调用 /api/v1/docking/compatibility 检查当前组合是否可运行。
  6. 选择对接方法（默认 Uni-Dock GPU）和相关参数。
  7. 点击"提交对接任务"。系统会创建 docking 类型任务并交由 Uni-Dock worker 执行。
  8. 在任务中心查看逐步进度；完成后到输出资产下载结构、报告或把 result asset 传给后续分析/FEP。

API 自动化

GET /api/v1/docking/compatibility
POST /api/v1/jobs
GET /api/v1/jobs?project_id=<project_id>
GET /api/v1/jobs/{job_id}/events
GET /api/v1/models/pocketxmol

自动化时优先调用兼容性接口。只有 compatible=true 时才提交对接任务。任务完成后读取 output_asset_ids，再通过资产文件下载接口获取结构与报告。

Server6 Example：1TA2 同系物库与 de novo 生成物对接

本例在 server6 的 Example 项目完成，使用 1TA2 thrombin 的 176 配体口袋。

对接任务：选择受体、口袋、配体和 Uni-Dock 参数

对接任务：完成后查看报表或进入相互作用分析

操作要点：

  1. 蛋白选择 Example 1TA2 receptor prepared ligand-removed。
  2. 口袋选择 Example 1TA2 176 binding pocket。
  3. 配体库可以选择：
  4. Example 1TA2 congeneric 72 analog library prepared for docking
  5. Example 1TA2 PocketXMol de novo generated ligands
  6. 对接方法选择 Uni-Dock；本例使用 pose_per_ligand=3、keep_top_poses=1、cpu_threads=4、GPU 设备 cuda:0。
  7. 任务完成后使用：
  8. 查看报表 · N poses：打开 pose 表，按 docking score 查看排名。
  9. 分析构象库 · N poses：把本次任务的合并 SDF 自动载入相互作用分析页面。

本次验证输出：

  • 同系物库：66 个输入配体，194 个 pose，失败/跳过 0 个；pose library 资产为 Example 1TA2 congeneric Uni-Dock screening result docked pose library。
  • de novo 生成物：23 个输入配体，69 个 pose，失败/跳过 0 个；pose library 资产为 Example 1TA2 PocketXMol de novo Uni-Dock result docked pose library。

结果解读：

  • docking score 越负通常表示 Vina 评分越好，但它不是实验结合自由能。
  • 一组任务只输出一个合并 SDF，不再把每个 pose 拆成一堆资产；要比较好坏，应在 pose 表或相互作用分析里按 score 排序、单选/多选查看。
  • 如果 查看报表 没反应或报错，优先检查任务是否已产生 unidock_pose_table.csv 和 unidock_docked_poses.sdf；这两个文件是报表和 3D 分析的来源。