GROMACS / MD
作用
GROMACS / MD 页面用于提交 CUDA 加速的分子动力学任务，并把输入参数、命令流、运行日志、轨迹结构和论文常见分析图统一登记到 WA-DD 任务资产中。当前入口支持能量最小化、NVT、NPT、生产 MD、aMD、Metadynamics、Umbrella、结合稳定性分析、隐式口袋发现、轨迹后处理和自定义命令流。
快速教程：短 MD 结果渲染闭环
下面示例在 server6 的 Example 项目中完成，任务 ID 为 677e3a02，输出资产为 ba4fc848。这个短流程用于验证页面交互、worker 执行、输出登记和结果渲染；它会生成代表结构和常见曲线，不能替代正式科研生产 MD。
- 打开
GROMACS / MD。 - 在“结构 / 系统资产”中勾选一个或多个输入资产。每个资产左侧都有勾选框，不需要使用系统多选快捷键。
Protocol选择Custom commands。- 取消
dry-run，表示这次由 worker 真正执行命令。 GPU 使用方式选择自动或指定单卡；指定单卡时在GPU ID填0、1或0,1。
高级编辑区支持三类 JSON：
.mdp文件 JSON：键是文件名，值是完整.mdp文本。可覆盖表单生成的积分器、步数、输出频率、温压耦合等设置。- 命令流 JSON：非 dry-run 时逐条执行。每项可以是字符串，也可以是
{ "name": "...", "command": "..." }。 - 额外文本文件 JSON：写入
custom/下的辅助文件，例如 PLUMED、index 说明、选择脚本或配置文本。
可以点击“示例：短流程+曲线”自动填入命令流。输入格式错误时，文本框下方会显示校验提示；格式正确时会显示 JSON 格式正确。
提交后任务卡会按“进入队列 / 执行中 / 完成”显示事件。完成后点击当前任务卡里的“查看 MD 输出”，结果会在这个任务卡下方直接展开，而不是跳到页面最底部。
本次验证任务输出了 29 个文件，包括 gromacs_plan.json、gromacs_results.json、gromacs_summary.csv、gromacs_system_preview.json、代表结构帧和 .xvg/.csv 分析曲线。
结果页按论文阅读顺序组织：
- 3D 轨迹播放器：加载
.pdb/.gro/.cif代表结构，可旋转、缩放、切换帧和播放多帧结构。 - 论文常见曲线：自动识别并渲染
rmsd.xvg、rmsf.xvg、gyrate.xvg、energy.xvg、hbond.xvg等文件。 - 每张曲线都可以下载原始数据，也可以预览原文。
高级分析区会自动识别 PCA/FEL、SASA、口袋体积、配体距离、接触图、聚类图等输出。示例任务成功渲染了 pca.xvg、sasa.xvg、pocket_volume.csv 和 ligand_distance.xvg。
GPU 观测
server6 运行这次短命令流任务时，GROMACS worker 容器为 wa-dd-wa-dd-gromacs-worker-amd-1，镜像为 wa-dd-gromacs:amd_cu128_20260810。任务前后通过 nvidia-smi 采样到 GPU 0/1 可见，GPU 利用率保持 0%，显存保持基线约 496 MiB / 18 MiB。
原因是本教程任务主要用于验证页面和输出渲染，命令流只执行 gmx --version 并生成短曲线/代表结构，没有运行长时间 gmx mdrun -nb gpu -pme gpu -bonded gpu -update gpu。正式生产 MD 或较长 benchmark 任务应在 worker 日志和 GPU 采样中看到更明显的 CUDA 负载。
从配体 / 受体资产直接发起
- 受体-only MD：选择蛋白准备或上传得到的
.pdb/.gro资产即可。默认开启“自动从受体/蛋白资产搭建 GROMACS 体系”，会生成 topology、盒子、溶剂和离子步骤。 - 已参数化复合物 MD：选择复合物结构和对应
.top/.itp/.prm资产，系统会直接生成grompp/mdrun路径。 - 未参数化配体：选择
.sdf/.mol2配体资产时，默认开启“配体资产自动生成 GMX 拓扑包”。worker 会用 OpenBabel/ACPYPE 生成.itp/.gro并登记到同一个 MD 输出资产。 - 轨迹后处理：选择
.xtc/.trr，最好同时选择对应.tpr和.edr，页面会给出 RMSD/RMSF/能量等分析命令预览。
输出
- 轨迹：
.xtc、.trr - 能量：
.edr - 分析：
.xvg、.csv、.json、.xpm - 结构：
.gro、.pdb、.cif - Checkpoint：
.cpt - 参数：
.mdp、.top、.itp、.ndx、.tpr - 日志：
.log、.txt
.xvg、.csv、.json 和日志文件可以在页面中预览；.xvg/.csv 会渲染轻量曲线。有 .gro/.pdb/.cif 代表结构时，输出详情会直接显示 3D 结构预览。