Example 1TA2 完整范例 / Full Walkthrough

本范例在 server6 部署页面完成，访问地址为 http://123.207.15.89:45103。目标是让新用户从一个 PDB 共晶结构开始，完成蛋白准备、配体准备、对接、分子生成、二次对接、FEP 规划和相互作用分析。

本例靶点为 thrombin 复合物 1TA2，共晶参考配体为 176 A:401。

1. 检查 Example 项目

进入页面后，使用管理员账户登录，在右上角项目菜单选择 Example。每一步截图中的红框是用户需要关注或点击的位置。

应看到以下关键资产：

• Example 1TA2 thrombin complex
• Example 1TA2 reference ligand 176
• Example 1TA2 176 binding pocket
• Example 1TA2 receptor prepared ligand-removed
• Example 1TA2 congeneric 72 analog library prepared for docking
• Example 1TA2 PocketXMol de novo generated ligands
• 两组 Uni-Dock docked pose library
• 两组 FEP result 和两组 FEP output

2. 从 PDB 下载蛋白并提取参考配体/口袋

进入“蛋白处理”，从 PDB 下载 1TA2。在组分列表中找到 176 A:401。

操作：

1. 将 176 A:401 提取为配体资产：Example 1TA2 reference ligand 176。
2. 以 176 A:401 位置提取口袋资产：Example 1TA2 176 binding pocket。
3. 运行蛋白准备，输出 Example 1TA2 receptor prepared ligand-removed。

蛋白准备时必须删除参考配体，否则后续对接时口袋仍被共晶配体占据。

3. 准备同系物配体库

进入“配体处理”，选择同系物库，生成准备后配体资产。

本例同系物库：

• 原始库：Example 1TA2 ligand 176 congeneric 72 analog library
• 准备后库：Example 1TA2 congeneric 72 analog library prepared for docking

推荐准备参数：

• 显式加氢
• 生成 3D 构象
• pH 7.4
• MMFF/UFF 优化
• 计算化学属性并写入 SDF properties

4. 对同系物库做 Uni-Dock 对接

进入“对接任务”，选择准备后蛋白、准备后同系物库和 176 口袋。

本例参数：

• engine：Uni-Dock
• scoring：Vina
• pose_per_ligand=3
• keep_top_poses=1
• cpu_threads=4
• GPU：cuda:0

本次验证结果：

• 输入配体：66 个
• 输出 pose：194 个
• 失败/跳过：0 个
• 输出 pose library：Example 1TA2 congeneric Uni-Dock screening result docked pose library

点击 查看报表 · 194 poses 查看打分表；点击 分析构象库 · 194 poses 进入相互作用分析。

5. 在同一口袋做 PocketXMol de novo 生成

进入“分子生成”，选择同一个准备后蛋白和同一个口袋。

本例参数：

• 模式：基于口袋 de novo 生成
• 生成数量：24
• batch size：8
• mean atoms：28
• min atoms：10
• sampling steps：100
• 口袋半径：12 Å
• GPU：cuda:0
• prepare_for_docking=true

本次验证结果：

• 请求 24 个，成功 23 个。
• 输出资产：Example 1TA2 PocketXMol de novo generated ligands
• 输出 SDF：generated_ligands_h.sdf
• 资产已显式加氢，页面显示每个分子的 heavy / H 数。

6. 对 de novo 生成物继续对接

回到“对接任务”，输入同一个准备后蛋白、同一个口袋和 Example 1TA2 PocketXMol de novo generated ligands。

本次验证结果：

• 输入配体：23 个
• 输出 pose：69 个
• 失败/跳过：0 个
• 输出 pose library：Example 1TA2 PocketXMol de novo Uni-Dock result docked pose library

7. 对两组对接结果做 FEP/RBFE dry-run

进入“FEP / 分析”，分别选择两组 docked pose library 创建 RBFE 任务。

本例为 dry-run，用于检查 ligand map 和结果展示，不代表真实 ΔΔG。

输出：

• 同系物库：193 条 planned edge，派生 SDF Example 1TA2 congeneric docking-pose RBFE plan clean annotated SDF，194 条记录。
• de novo 库：68 条 planned edge，派生 SDF Example 1TA2 de novo docking-pose RBFE plan clean annotated SDF，69 条记录。

点击 查看 FEP · N edges 看 edge 表；点击 分析 FEP SDF · N 分子 把带 FEP 字段的 SDF 送入相互作用分析。

8. 相互作用分析与结果判断

进入“相互作用分析”，受体选择 Example 1TA2 receptor prepared ligand-removed。左侧按来源展开 FEP 输出、对接构象、分子生成和准备后配体。

操作：

1. 展开一个来源组。
2. 点击 最佳 1 个、前 5 个，或逐个勾选具体分子。
3. 在 3D 区查看受体、配体和作用力虚线。
4. 在右侧查看 docking score、FEP 字段、作用力数量和接触残基。
5. 使用导出按钮保存表格、SDF，或把选中分子生成新资产。

独立窗口：

注意：点击 打开独立分析窗口 前必须先选中至少一个分子/pose；否则页面会提示先选择构象。

结果解释：

• docking score 越负通常越好，但不能直接等同实验自由能。
• FEP dry-run 的 edge 只是规划结果；正式 FEP 才会产生真实 ΔΔG、误差和轨迹。
• 相互作用虚线当前是距离几何候选，适合快速筛选和定位残基；发表前仍需用正式 profiler 或实验结构复核。

9. 2D/3D 资产查看

配体处理页面可以直接打开任意 ligand SDF、docking pose library 或 fep_output。

使用建议：

• 2D 视图适合按属性排序、筛选、分页和导出。
• 3D 视图适合确认构象是否合理、是否含显式氢，以及多个构象是否叠在合理位置。
• 资产卡片上优先看资产名称、来源类别和分子数量，不需要记裸 ID。

10. 用户文档页面

菜单中的“用户文档”会展示构建时从 userguide/*.md 转换出的 HTML。

每次 web 镜像构建时会重新转换文档和图片；更新文档后需要重新构建 web 镜像并部署，线上页面才会看到新内容。